Suốt sự nghiệp sáng tác âm nhạc, Thuận Yến đã được trao nhiều giải thưởng, bao gồm Giải nhất ca khúc của Bộ Văn hoá năm 1987 (ca khúc "Vầng trăng Ba Đình"), Giải ca khúc xuất sắc của Bộ Quốc phòng năm 1994 (ca khúc "Màu hoa đỏ"), Giải bài hát được nhiều người ưa thích năm 1992 – 1993 của Đài Tiếng nói Việt Nam (ca khúc "Chia tay hoàng hôn"),...[13] và danh giá nhất là Giải thưởng Nhà nước năm 2001 với 5 ca khúc được chọn và Giải thưởng Hồ Chí Minh năm 2017 cũng với 5 ca khúc được chọn. Ông từng được nhận Huân chương Lao động Hạng Ba và hạng Nhất, cùng 2 lần nhận Huân chương Lao động hạng Hai[25][26]. Với 26 ca khúc, nhạc sĩ Thuận Yến cũng là tác giả "Có nhiều sáng tác nhất về Hồ Chí Minh"[4][12][27].

Thuận Yến được coi là một trong những "cây đại thụ" của nền âm nhạc Việt Nam, người dìu dắt và tạo cảm hứng cho nhiều ca sĩ, nghệ sĩ lớn sau này như Nghệ sĩ Nhân dân Thu Hiền, ca sĩ Việt Hoàn, Quang Linh, Tùng Dương,...[28] Nghệ sĩ ưu tú Quang Lý đánh giá cao những sáng tác của Thuận Yến "là những bản hùng ca hay trữ tình thấm đượm tình yêu quê hương, đất nước, con người."[29]

Nhiều nghệ sĩ gạo cội cũng bày tỏ sự tôn trọng lớn lao đối với nhạc sĩ Thuận Yến. Nghệ sĩ nhân dân Trung Kiên, người từng là "thông gia" với gia đình Thuận Yến, nhớ về ông là người "hiền lành sôi nổi" và "vẫn lấy các sáng tác của Thuận Yến để dạy cho học trò của mình."[29] Ngay từ năm 2014, nhạc sĩ An Thuyên đã đề nghị Thuận Yến nhận Giải thưởng Hồ Chí Minh về những đóng góp cho nền âm nhạc nước nhà vì ông "là người nghệ sĩ chiến sĩ, là tấm gương sáng để các nghệ sĩ trẻ noi theo..."[29]

Nhạc sĩ Tường Lân cũng đánh giá cao "chất nhân văn và văn học" trong các sáng tác của Thuận Yến, đặc biệt với những ca khúc về tình yêu[29]. Nhạc sĩ Tôn Thất Lập, Chủ tịch Hội âm nhạc Thành phố Hồ Chí Minh đồng thời là Phó chủ tịch Hội nhạc sĩ Việt Nam và cũng là Tổng biên tập của tạp chí Âm nhạc Việt Nam thì ca ngợi "sự sáng tạo nhưng vẫn mang đậm phong cách của âm nhạc dân tộc" và "giữ được bản sắc riêng... rất truyền cảm và đậm chất dân tộc... [với] sự sáng tạo cả về hình thức, âm điệu, ca từ,..."[29] Các nhạc sĩ Phú Quang và Trần Tiến cũng là những người rất ấn tượng với những sáng tác đồ sộ của Thuận Yến[29].

Thuận Yến cũng được coi là một trong những người có đóng góp lớn vào sự phát triển của nền âm nhạc trữ tình cũng như nhạc nhẹ Việt Nam trong thời kỳ mới[12]. Những đóng góp của ông về âm thanh, tiết tấu càng được coi trọng và phát huy khi ông nắm giữ vai trò trưởng ban âm nhạc Đài Tiếng nói Việt Nam, như chia sẻ từ nhạc sĩ Cát Vận "[Thuận Yến là] người luôn trăn trở với nền âm nhạc Việt Nam"[30]. Báo Tin tức từng viết về ông vào năm 2017: "Gia tài âm nhạc của ông, nếu thời chiến tranh mang âm hưởng của tình yêu đất nước của một thời cuộc gian nan nhưng đầy khí phách, thì gia tài âm nhạc của ông ở thời bình lại rất thiết tha, đậm đà tình yêu nam nữ, với đủ "cung bậc người" – nỗi buồn đau, niềm hạnh phúc, nỗi thất vọng, khát khao..."[12]